Już w 1936 r. w ówczesnym Rastenburgu powstało muzeum regionalne - Heimatmuseum Rastenburg. W zbiorach Heimatmuseum znajdowały się zabytki związane z historią miasta i regionu, militaria z I wojny światowej, dokumenty i książki o tematyce regionalnej. Założycielką dzisiejszego Muzeum im. Wojciecha Kętrzyńskiego była jego późniejsza wieloletnia kierowniczka - Zofia Licharewa. Już pod koniec stycznia 1945 r. przystąpiła do zabezpieczania ocalałych w mieście i okolicy zabytków.Z chwilą przejęcia władzy w mieście przez polskie władze cywilne, od 15 maja 1945 r., Z.Licharewa jako pracownik Referatu Kultury i Sztuki Starostwa Powiatowego w Rastemborku zabezpieczała zabytkowe obiekty, głównie kościoły i pałace, na terenie całego powiatu. Znajdujące się w nich zabytki ruchome przywożone były do Rastemborka z myślą zorganizowania tu muzeum o charakterze regionalnym. Zgromadzone zbiory były jednak wywożone do różnych instytucji. W ten sposób wiele wartościowych obiektów związanych z historią miasta i regionu trafiło do odległych nieraz ośrodków.

W lutym 1946 r., z inicjatywy Z.Licharewej, w Kętrzynie (wówczas jeszcze Rastemborku) Powiatowy Oddział Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego utworzył Muzeum Krajoznawcze. Siedzibą Muzeum stał się na długie lata budynek dawnego aresztu przy ul Powstańców Warszawy 1. Do dyspozycji Muzeum pozostawiono 10 pomieszczeń, z których 7 przeznaczonych było na sale wystawowe.Powierzchnia wystawowa liczyła 116 m ². W 1948 r. zbiory Muzeum po raz pierwszy zostały udostępnione dla zwiedzających. W 1950 r. Muzeum zostało upaństwowione. Muzeum Państwowe w Kętrzynie merytorycznie podlegało Muzeum Mazurskiemu w Olsztynie. W maju 1967 r. Muzeum przeniesiono do pomieszczeń znajdujących się w odbudowanym zamku krzyżackim.Obecnie Muzeum zajmuje łącznie powierzchnię ok. 1100 m ² ; powierzchnia sal wystawowych wynosi ok. 640 m ². Muzeum jest administratorem całego Zamku. W 1976 r. muzeum kętrzyńskie zostało oddziałem Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie.Jednocześnie nazwano je imieniem patrona miasta - Wojciecha Kętrzyńskiego. Od 1988 r. opiekę nad Muzeum przejął miejscowy samorząd.