W Muzeum gromadzone są zbiory związane przede wszystkim z historią miasta i regionu. Dużą ich część stanowią eksponaty z dziedziny sztuki, rzemiosła artystycznego, historii oraz archiwalia zabezpieczone w pierwszych latach powojennych przez założycielkę Muzeum Z.Licharewą. Dzięki temu zabytki o dużej nieraz wartości historycznej zostały ocalone od zniszczenia i rozproszenia. .Były to m.in. przedmioty pochodzące z wyposażenia okolicznych pałaców i dworów, zniszczonych i rozszabrowanych kościołów, archiwum magistratu,szczątki kolekcji Heimatmuseum Rastenburg i Prussia Museum z Królewca.

. W późniejszych latach działalności Muzeum zabytki pozyskiwano drogą zakupów, darowizn i planowych badań (archeologia). Dział archeologiczny posiada zbiory pochodzące zarówno z prowadzonych przez pracowników badań wykopaliskowych, jak i zbiory pochodzące z rozproszonej kolekcji przedwojennego Heimatmuseum Rastenburg czy szczątki kolekcji Prussia Museum z Królewca.

Wśród zbiorów artystycznych na szczególną uwagę zasługują: kolekcja rzeźb z końca XV w., epitafia z XVI-XVIII w., chorągwie pogrzebowe: Fryderyka Groebena, uczestnika bitwy pod Wiedniem i jedyna zachowana z terenu dawnych Prus chorągiew pogrzebowa dziecka z wizerunkiem zmarłego w wieku trzech lat Botho Eulenburga, kolekcja sprzętów cynowych z XVIII-XX w. oraz kolekcja zabytków zabezpieczonych w okolicznych dworach i pałacach.  Z eksponatów numizmatycznych dużą wartośą historyczną przedstawia fragment jednego z trzech skarbów monet ukrytych w 1626r. w pobliżu murów miejskich, zbiór dawnych pieczęci miejskich i cechowych, kolekcja monet i medali z XVII-XIX w. oraz zbiór monet i banknotów zastępczych z początku lat 20-tych XX w.

W zbiorach działu etnografii znajdują się m.in.: tradycyjne sprzęty używane do niedawna na wsi mazurskiej oraz kolekcja osiemnastowiecznych kafli piecowych. Na uwagę zasługuje także ciekawa kolekcja geologiczna zgromadzona przez Z.Licharewą. Gromadzone w Muzeum zdjęcia, pocztówki i materiały dokumentacyjne są cennym źródłem dla poznania historii miasta i regionu. Biblioteka muzealna posiada oprócz literatury fachowej m.in. zbiór starodruków z XV-XIX w., bogate zbiory wydawnictw poświęconych historii regionu oraz unikatowe egzemplarze miejscowej prasy z XIX i XX w. Szczególnie cenny jest zbiór rękopisów z XVII-XXw. z archiwów kościelnych i archiwum magistratu.