Muziejus Kętrzyne yra vienas seniausių muziejų Varmijoje ir Mazūrijoje. Jis veikia nepertraukiamai nuo 1946 m. vasario 26 d. 1987 m. jis tapo bendruomenės muziejumi, vienu pirmųjų Lenkijoje.
Muziejus buvo įkurtas Zofijos Licharevos iniciatyva, kuri nuo 1945 m. sausio, dar prieš oficialiai perdavus valdžią Lenkijos civilinei administracijai, Rastenburge rūpinosi kilnojamųjų paminklų, surinktų aplinkiniuose bažnyčiose, dvareliuose ir rūmuose, saugojimu. Pagal valdžios rekomendacijas visi Kętrzyno saugykloje saugoti kultūros paveldo objektai turėjo būti perkelti į kitus muziejus ir bibliotekas. Vienintelis būdas išsaugoti kolekcijas vietoje organizuotos kolekcijos pavidalu buvo Lenkijos turistų ir ekskursijų draugija, kuri turėjo įgaliojimus steigti muziejus ir rūpintis regioninio kultūros paveldo objektų kolekcijomis.
1948 m. muziejaus kolekcijos pirmą kartą buvo atvertos lankytojams. 1967 m. gegužę muziejus perkeltas į atstatytos Teutonų ordino pilies patalpas.
Daug metų muziejus, be įstatuose numatytų užduočių, tokių kaip kolekcijų, susijusių su regiono istorija, rinkimas, parodų organizavimas ir regioninio švietimo teikimas, įgyvendina ir mokslinių tyrimų bei edukacines programas. Šios programos finansuojamos Lenkijos vyriausybės, kitų organizacijų ir Europos Sąjungos.
Svarbi muziejaus veiklos dalis yra tyrimai apie regiono archeologinę praeitį, miesto istoriją, Rytų Prūsijos bajorų giminių istoriją, Teutonų ordino valstybės, Prūsijos kunigaikštystės ir Prūsijos karalystės meną. Kai kurie įdomiausi muziejuje vykdomi mokslinių tyrimų projektai: archeologiniai tyrimai Robavuose esančiose II–VII a. kapinėse su ritualinėmis arklių aukomis, tarpdisciplininiai tyrimai apie ankstyvųjų viduramžių prūsų gyvenvietės kompleksą Poganove (finansuojami trijų metų Lenkijos mokslo fondo dotacijos 2012–2014 m.), lauko ir archyviniai tyrimai apie Teutonų ordino gynybos sistemas ir projektas apie Rytų Prūsijos bajorų giminių rezidencijų istoriją.
Muziejaus edukacinė veikla skirta tiek vietos gyventojams, tiek turistams. Muziejus daugiausia dėmesio skiria informacijos apie turtingą regiono istoriją, įskaitant jo đaziakultūrinį ir daugiatautį pobūdį, teikimui.
Nuo 2006 m. muziejus vasarą organizuoja Šv. Jokūbo viduramžių mugę. Mugėje vyksta tradicinių amatų ir muzikos dirbtuvės, kurias veda atlikėjai iš Lenkijos ir kitų Europos šalių.